Die von ihm konzipierten Anhörungen zu kontroversen kirchlichen und ethischen Fragen waren hochrangig besetzt und wurden ebenso wahrgenommen. Im Jahr 2011 wurde Prof. Dr. Thomas Hörnig mit einer Arbeit zur Frühgeschichte der inneren Mission an der Kirchlichen Hochschule Wuppertal / Bethel habilitiert. Prof. Hörnig hat sich in den Organen der Selbstverwaltung engagiert und die Leitung des Studiengangs Diakoniewissenschaft sowie die Ausbildungsleitung der Diakonen*innenausbildung übernommen, in Berufungsverfahren mitgewirkt und eine Vielzahl an Bachelor- und Masterarbeiten in verschiedensten Studiengängen und Themenfeldern begleitet.
Prof. Dr. J. Thomas Hörnig ist EKD-Synodaler, Miglied der württembergischen Synode und neu Beisitzer im Kirchlichen Verwaltungsgericht.